A differenza dalle disfunzioni sessuali delle persone eterosessuali, quelle delle persone omosessuali si caratterizzano per alcune cause scatenanti e per una diversa incidenza di alcune disfunzioni.
Gli omosessuali che vivono un disagio psicologico nella sfera sessuale (quindi non legato a cause mediche) possono dover ricercare le cause anche in situazioni specifiche quali i pregiudizi sociali e religiosi relativi al sesso e all’esperienza sessuale omo-erotica, il senso di colpa, il vissuto di inadeguatezza o di non amabilità. 
In sostanza, nel sentirsi “sbagliati” o semplicemente “non normalizzati” in una società in cui prevale l’eterosessualità. Tali vissuti, dunque, possono talvolta riflettersi negativamente sul benessere psico-sessuale individuale e di coppia.
Negli uomini gay le principali disfunzioni riscontrate nella pratica clinica sono: la perdita o la riduzione della libido; la disfunzione erettile, la compulsione sessuale associata ad una dipendenza, l’eiaculazione ritardata o inibita. Nelle donne lesbiche, invece, le disfunzioni sessuali sono principalmente: la riduzione o la perdita della libido, l’avversione sessuale; l’assenza di orgasmo (Montano, 2000). Difficoltà come vaginismo (la contrazione dei muscoli che impedisce la penetrazione) o il cosiddetto dolore sessuale (dispareunia) non vengono quasi mai riportate nelle richieste d’intervento delle coppie lesbiche e questo sembrerebbe derivare dal fatto che le donne omosessuali non vedono la penetrazione come unica fonte del piacere. L’eiaculazione ritardata nei gay, invece, sembra essere un disagio particolarmente frequente rispetto agli eterosessuali maschi. Questo forse è dovuto al fatto che la masturbazione è una forma “altra” di raggiungere l’orgasmo con il partner (Nichols, 2000)
In terapia sessuale, se per gli eterosessuali si considera come causa della disfunzione il disagio del paziente verso la sessualità, nel caso degli omosessuali la causa più comune è il disagio creato dall’omofobia (Lief e Kaplan, 1991), sia essa sociale o interiorizzata. 
A queste cause profonde, si possono aggiungere anche problematiche del “qui ed ora” come ad esempio l’ansia da prestazione che nasce da modelli imposti come l’uomo “macho” e la donna “ricettiva”, oppure stereotipi sociali legati al ruolo “marito” e “moglie”, capaci di generare disfunzioni nell’esperienza sessuale omosessuale. Infine, vi sono le cause relazionali all’interno della coppia omosessuale come all’interno delle relazioni eterosessuali. Il modo in cui funziona la relazione, lo stile comunicativo caratteristico di ogni coppia eterosessuale o omosessuale sono legati comunque a come i due sessi approcciano alla sessualità e alle proprie caratteristiche individuali. Dunque, il tipo e la qualità della relazione influenza il benessere psicologico e sessuale.
Dunque, mentre è bene ricordare e comprendere che non esiste una terapia per l’omosessualità, si può invece migliorare il benessere erotico-sessuale compromesso dalla presenza di disfunzioni sessuali che creano disagio. Infatti, nel caso di individui omosessuali, alcune caratteristiche contestuali possono creare una “difficoltà nella difficoltà” che può essere superata solo se si sceglie di vivere pienamente e serenamente se stessi, uscendo in primis da schemi eterosessisti.
Nel trattamento delle disfunzioni sessuali che sembrano interessare maggiormente gli omosessuali, alcune strategie ricorrono alla capacità di una coppia gay di “variare” l’esperienza sessuale allo scopo di raggiungere il piacere senza concentrarsi troppo sul problema; non sottovalutando la capacità di comprendere appieno come stimolare il corpo altrui, così simile al proprio, per raggiungere livelli soddisfacenti di piacere e tornare, insieme, a vivere serenamente l’esperienza erotica e a condividere un ritrovato benessere.
